城市在恢复平静(jìng )后，大(dà )反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔(ěr )（梅根·福克斯 Megan Fox 饰(shì )）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及(jí )面具义警凯(kǎi )西·琼(qióng )斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩(jiān )作(zuò )战打击恶徒。在史莱德（布莱(lái )恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其(qí )同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力(lì )量大反派格朗(lǎng )，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。