故事发生在(zài )日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之(zhī )后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫(gōng )理惠 配音）和新八（坂口大助(zhù ) 配音），委托他们寻找主人的下落。同时，银时（杉田(tián )智和）也(yě )受到委托(tuō )，寻找四(sì )处作恶的红樱的下落。三(sān )人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管(guǎn )辖范围，飞艇里的恶势力一手(shǒu )遮天。在那里，银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助（子(zǐ )安武人 配音(yīn )），高杉正带领着自(zì )己的鬼兵队企图毁(huǐ )灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时能够平安(ān )脱险拯救江户(hù )吗？　　此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》，其中，在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。