白莲教徒接下(xià )满清大臣纳兰元述（甄子(zǐ )丹(dān )）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等(děng )地盘(pán )，甚至(zhì )连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪(cōng )）异常气愤。
　　在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远(yuǎn )见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷(mí )信假像，又因奋慨国运衰(shuāi )竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战(zhàn )。