夏日的一天，红发女孩玛丽（杉咲花 配音）被送到阿姨夏(xià )洛特所在的乡间小屋度假。初来乍到，玛丽对(duì )周遭的一切(qiē )还不那么适应，特别是调皮男(nán )孩彼得（神木隆之介 配音）有意和她对着干，令玛丽实在高兴不起来。偶然一次的(de )林间探险，玛丽见到了传说中的魔(mó )法之花“夜间飞行”，还找到了一柄破扫帚(zhǒu )。偏偏这把魔法扫帚载着玛丽飞上天空，来到了专门培养魔法师的恩德学园。在这个神奇的所在，玛丽受到曼布勒切克女士(shì )（天海佑希(xī ) 配音）的殷勤接待(dài )，还邂逅了怪模怪样的D博士（小日向文世 配(pèi )音）。虽然女孩懵懵懂懂(dǒng )成为了魔法学员，可是他很快发现了这里所隐藏的秘密……