经过长时间的休整，治疗眼伤的濑文焚流（加濑亮 饰）终于随着当麻（户田惠梨香 饰）重返阔别已久的未详，只是此时来(lái )自公安部公(gōng )安五课的市柳（でんでん 饰(shì )）和吉川（北村一辉 饰(shì )）握得实(shí )权，令濑文等人(rén )颇为气(qì )闷。与此同时，在市井算命的觉被一掌握瞬间移动能力的黑(hēi )衣男子射杀(shā )，同时遇害的(de )还有觉的保镖以及几名无辜市民。父母双双遇害而作为幸存者并且目击了(le )黑衣人真实(shí )容颜的少女久远望（谷村美月 饰）便成为对方(fāng )追杀的目标。为了保护小望，未详同仁通(tōng )力合作，并持续追索黑衣人的真面目以及其背后的阴谋。在此期间，当麻也展示了其不为人知的SPEC。一场斗智斗勇的战斗拉开了序幕……